PhD Students

 

  • Clara Delahaye  (Start end 2019 ):   Robust interactive reconstruction of polyploid haplotypes from long reads.
  • Grégoire Siekaniec  (Start end 2018, joint supervision with  E. Guédon , Inra STLO Rennes) :    Differential characterization of bacterial strains.
  • Former PhD students:
    • 2021 Hugo Talibart (joint supervision with  F. Coste, main supervisor) : Comparison of homologous protein sequences using direct coupling information by pairwise Potts model alignments.
    • 2019 Lucas Bourneuf  A search space of graph motifs for graph compression : From Powergraphs to triplet concepts
    • 2015 Clovis Galiez  (joint supervision with  F. Coste, main supervisor) Fragments structuraux : comparaison, prédictibilité à partir de la séquence et application à l’identication de protéines de virus.
    • 2014 Valentin Wucher  (joint supervision with  D. Tagu, Inra Le Rheu)     Modelling an RNA interaction network for the prediction of gene functions related to the pea aphid reproduction mode.
    • 2014 Gaëlle Garet  Discovery of enzymatic functions in the framework of formal languages
    • 2007 Sébastien Tempel, –MC Marseille- Etude de transposons chez A. Thaliana (joint supervision with  I. Couée et A. El Amrani, labo Ecobio, Rennes)
    • 2006 André Floëter (joint supervision with  T. Schaub, Potsdam)  –Conseiller Gouvernement-. Analysing biological expression data based on decision tree induction
    • 2005 Ingrid Jacquemin –Chef de projet ACII Nantes-  Découverte de motifs relationnels en bioinformatique: application à la prédiction de ponts disulfures.
    • 2005 Aurélien Leroux  –ATER-    Inférence grammaticale sur des alphabets ordonnés : Application à la découverte de motifs dans des familles de protéines.
    • 2003 Daniel Fredouille (joint supervision with F. Coste, Rennes) – Software developper ORACLE Montréal- Inférence d’automates finis non déterministes par gestion de l’ambiguïté, en vue d’applications en bioinformatique.
    • 2000 François Coste –Chercheur INRIA Rennes- Apprentissage d’automates classifieurs en inférence grammaticale
    • 1998 Christine Sinoquet –MC Nantes-    Grammaires à transformations morphiques. Recherche de motifs -exacte ou approchée- adaptée aux séquences génétiques : le système GTM.
    • 1997 Robin Gras –Professeur University of Windsor-, HDR  Un outil interactif de recherche de motifs dans les grandes séquences génétiques fondé sur l’arbre des suffixes.
    • 1995 Jean-Yves Giordano -Ingénieur  Serono Genetics Institute, Evry-. Inférence de grammaires algébriques
    • 1992 Raoul Vorc’h  -MC Rennes- Généralisation et abstraction en démonstration automatique
    • 1992 Francis Courtot –MC Lille- CARLA : acquisition et induction sur le matériau compositionnel
    • 1991 Catherine Belleannée  –MC Rennes – Vers un démonstrateur de théorèmes adaptatif

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