Lire les lectures : analyse de données de séquençage
Soutenue publiquement le 25 janvier 2016 – IRISA/Inria – 14h Salle Métivier
Jury
- Hélène Touzet – Rapportrice – Directrice de Recherche, Inria Lille
- Sophie Schbath – Rapportrice – Directrice de Recherche, INRA, Jouy-en-Josas
- Gunnar Klau – Rapporteur – Professeur, CWI Amsterdam
- Alain Viari – Directeur de recherches, Inria Lyon
- Philippe Vandenkoornhuyse – Professeur, Université de Rennes1
- Guillaume Blin – Professeur, Université de Bordeaux
Résumé
Tous les travaux présentés dans cette HDR concernent l’exploitation de données de séquençage haut débit en absence de génome de référence proche et de bonne qualité.
Dans un premier chapitre, nous proposons de nouvelles approches pour extraire des variants biologiques d’intérêt de ces données de séquençage. Dans un second chapitre nous exposons des méthodes de comparaisons de jeux de données de séquençage. Enfin, dans un troisième chapitre, nous proposons une méthode préliminaire à de meilleurs « assemblages » de ces données de séquençage.